中國CDC使用Geneious Prime是怎么鑒定出來2019-nCoV新型冠狀病毒和發(fā)現(xiàn)進化的？
Geneious Prime作為關鍵性工具對新型冠狀病毒基因組分析、自動注釋、查看 和操縱病毒進化系統(tǒng)發(fā)育樹
? ? ? ? 細胞培養(yǎng)中的病毒分離，基于免疫熒光的測定法和確定核酸的分子技術已成功用于檢測和鑒定病毒。另一方面，最常用的病毒定量方法可分為三大類：測量病毒感染性的技術（病毒噬斑測定，TCID50和免疫熒光病灶分析），檢查病毒核酸和蛋白質（qPCR，免疫印跡，免疫沉淀，ELISA和血細胞凝集分析）的試劑，以及直接計數(shù)物理病毒顆粒的試劑（病毒流式細胞儀和透射電子顯微鏡）。由于這些已建立的獨立方法都有一些局限性（表1）。
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? ? ? 在這里，我們羅列了一些最常見的病毒鑒定和定量方案，目前在實驗和診斷病毒學中普遍使用它們。基于后來改進的病毒鑒定和定量技術，如質譜法和下一代測序/宏基因組學(mNGS)，人們進行了探索，從而以克服它們的局限性。而此次2019-nCoV新型冠狀病毒的發(fā)現(xiàn)mNGS技術就扮演了相當重要的"先知"角色，更使得技術人員在第一時間警覺不會束手無策，并從而奠定后續(xù)快速鑒定、診斷之路。親歷人員更回顧性總結發(fā)出“今夜再次被證實，mNGS技術將被推向神壇”的預言。
? ? ? 在這里，我們羅列了一些最常見的病毒鑒定和定量方案，目前在實驗和診斷病毒學中普遍使用它們。基于后來改進的病毒鑒定和定量技術，如質譜法和下一代測序/宏基因組學(mNGS)，人們進行了探索，從而以克服它們的局限性。而此次2019-nCoV新型冠狀病毒的發(fā)現(xiàn)mNGS技術就扮演了相當重要的"先知"角色，更使得技術人員在第一時間警覺不會束手無策，并從而奠定后續(xù)快速鑒定、診斷之路。親歷人員更回顧性總結發(fā)出“今夜再次被證實，mNGS技術將被推向神壇”的預言。
? ? 我們基于中國CDC發(fā)表在《柳葉刀》的重要文獻梳理了基于mNGS技術鑒定2019-nCoV新型冠狀病毒的技術路線、對下游RT-PCR試劑開發(fā)的支持、以及病毒進化分析的前世今生的方法進行了歸納。參考下圖（如看不清此圖請掃碼免費共享高清大圖）。
鑒定2019-nCoV新型冠狀病毒通用技術路線和病毒差異化分析概要
同時我們制作了一份基于寨卡病毒為藍本的step by step中文教程，旨在提供全流程分析：鑒定寨卡病毒和進化分析。添加技術支持微信mzdbiotech免費獲取教程。
從病毒數(shù)據樣本獲得、數(shù)據前處理、映射到參考、Blast搜索、Zika病毒變異性內的系統(tǒng)發(fā)育分析等流程進行細致的演示，期望此種技術的廣泛傳播成為各種實驗室的基礎能力進而識別新型病毒和變異，提供預防和診治的手段，造福人類。
