Geneious軟件插件plugin可用列表
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Geneious可用插件列表
系統(tǒng)發(fā)育
- GARLI使用GARLI在大型數(shù)據(jù)集上構(gòu)建快速最大似然樹
- RAxML使用RAxML在大型數(shù)據(jù)集上構(gòu)建快速最大似然樹
- FastTree快速系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建龐大的數(shù)據(jù)集
- 使用MrBayes的MrBayes貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育分析
- PAUP *使用PAUP * 4.0進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育推斷
- 使用PhyML進(jìn)行分子進(jìn)化的PhyML系統(tǒng)發(fā)育推斷
- DualBrothers使用DualBrothers識別系統(tǒng)發(fā)育史中的重組事件
- 物種定界評估系統(tǒng)發(fā)育樹中的假定物種
核苷酸分析
- 奧古斯都真菌基因預(yù)測與奧古斯都
- 補(bǔ)體/反向補(bǔ)體或逆轉(zhuǎn)DNA序列，不做兩者兼而有之
- CpG群島通過預(yù)測CpG島找到DNA甲基化的目標(biāo)
- CRT查找細(xì)菌和古細(xì)菌中的現(xiàn)有CRISPR位點(diǎn)
- EMBOSS Nucleotide預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子和蛋白質(zhì)編碼區(qū)
- FreeBayes單倍型基于FreeBayes的變種發(fā)現(xiàn)。
- 微光預(yù)測用Glimmer預(yù)測微生物DNA中的基因
- 雜合子通過二級峰調(diào)用識別色譜圖中的雜合子
- 微衛(wèi)星簡化微衛(wèi)星基因分型
- Mutate和Shuffle自動(dòng)改變或隨機(jī)播放序列
- Phobos使用Phobos搜索串聯(lián)重復(fù)序列/微衛(wèi)星的基因組
- 多態(tài)性SSR使用Phobos在比對中找到多態(tài)性串聯(lián)重復(fù)序列
- 重復(fù)查找器查找大而遙遠(yuǎn)的重復(fù)
蛋白質(zhì)分析
- 卷曲線圈預(yù)測蛋白質(zhì)卷曲螺旋區(qū)域
- EMBOSS蛋白預(yù)測二級結(jié)構(gòu)，抗原區(qū)和信號切割位點(diǎn)。
- EMBOSS工具
- InterProScan使用InterPro域自動(dòng)注釋蛋白質(zhì)
- PDB結(jié)構(gòu)AlignerPDB蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)比對
- 跨膜預(yù)測蛋白質(zhì)的跨膜跨越區(qū)域
對準(zhǔn)
- Clustal Omega使用Clustal家族的最新成員進(jìn)行多序列比對。
- LASTZ使用LASTZ對齊大型基因組
- MAFFT使用MAFFT快速準(zhǔn)確地進(jìn)行多序列比對
- Mauve使用Mauve對齊多個(gè)基因組以識別大規(guī)模進(jìn)化事件
- SeqPartitionerPartition等位基因來自多個(gè)比對的多重集合
部件
- BBDuk適配器/質(zhì)量修剪和過濾
- BBMap用于RNA和DNA的快速靈敏的對準(zhǔn)器
- Bowtie參考映射與Bowtie
- Cap3使用CAP3進(jìn)行重疊群裝配
- 重疊物分揀機(jī)
- FLASH使用FLASH合并配對測序讀數(shù)
- MIRA使用MIRA進(jìn)行高效準(zhǔn)確的序列組裝
- Tophat快速剪接連接映射用于RNA-Seq讀取TopHat
- 天鵝絨從頭與Velvet短讀的集合
