免費中英文教程
下載免費試用版和我們的其中一個教程，以交互方式掌握Geneious的功能。
教程 - De Novo組裝拼接
了解如何執(zhí)行短讀取NGS數(shù)據(jù)的重新匯編，如何處理配對結(jié)束的數(shù)據(jù)，并根據(jù)參考序列檢查裝配的質(zhì)量。
了解如何為下游分析組裝和編輯色譜圖。
該模塊的目的是編輯和分析一些“原始”DNA序列數(shù)據(jù)，以確定野生動物法醫(yī)病例中生物樣本的來源。
NGS預(yù)處理，定位和從頭組裝
導(dǎo)入任何數(shù)據(jù)類型，解復(fù)用，修剪，過濾，匯編或映射到引用。
導(dǎo)入各種格式
廣泛的預(yù)處理
清潔數(shù)據(jù)對準(zhǔn)確的下游分析至關(guān)重要。 通過利用所有必要的預(yù)處理工具，確保您的數(shù)據(jù)處于最佳狀態(tài)：
- 通過條形碼解復(fù)用/分割
- 通過閱讀質(zhì)量修剪和過濾
- 修剪適配器
- 合并配對讀取
- 去重復(fù)
- 錯誤正確并正?；?/font>
- 濾除嵌合體
可靠的參考映射
不要在質(zhì)量上妥協(xié)！ 與其他常用映射算法相比，獨特的Geneious Read映射器及其迭代方法可以產(chǎn)生出色的結(jié)果，并且可以正確對齊結(jié)構(gòu)變體。 如果你需要一些不同的東西，Bowtie，TopHat和BBMap都可以在你的指尖中運行。
靈活的 De Novo 序列拼接
Geneious Assembler具有足夠的靈活性，可處理來自任何類型測序儀的數(shù)據(jù)，并且可以讀取任意長度的數(shù)據(jù)，包括來自不同測序儀的讀取和混合讀數(shù)。 對于產(chǎn)生圓形重疊群的獨特能力的微生物組裝尤其有益。 另外，運行MIRA，SPAdes，Tadpole（蝌蚪）或Velvet也同樣容易，MAUVE基因組比對可以幫助您進(jìn)行基因組比對和整理。
使用Geneious的映射，覆蓋和變體調(diào)用
視頻簡介
應(yīng)用筆記
在這項研究中，使用Geneious de novo 匯編 器從短閱讀NGS序列數(shù)據(jù)組裝兩個線粒體基因組 ，并將結(jié)果與??由Velvet，MIRA和SPAdes產(chǎn)生的組裝進(jìn)行比較。
De Novo細(xì)菌基因組序列拼接
Illumina MiSeq數(shù)據(jù)組裝和注釋細(xì)菌基因組的工作流程。
使用Geneious從短讀數(shù)NGS數(shù)據(jù)集中重建一個完整的，循環(huán)的，注釋的葉綠體基因組。
探索Geneious中的一條管道，該管道允許從疑似感染患者身上進(jìn)行的高通量宏基因組數(shù)據(jù)中準(zhǔn)確識別和分析低濃度ZIKV。