NGS可視化和下游分析

注釋基因組和組件的美麗可視化，強大的變體調(diào)用和RNA-Seq表達分析。

輕松的可視化和導航

只需點擊一下geneious，就可以獲得所需的可視化數(shù)據(jù)。注釋基因組，循環(huán)基因組，映射讀取，重疊群都顯示在我們高度可定制的序列視圖中。選擇要顯示的其他注釋的著色方案，圖形和軌跡，然后使用動態(tài)注釋搜索和位置跳轉來查找您要查找的內(nèi)容。

通過多功能的Geneious算法或眾所周知的FreeBayes查找SNP /變體。如果您有來自外部管道或供應商的變體調(diào)用，只需拖入VCF即可。通過與已知變體進行編程比較來識別新的變體，或者使用我們的動態(tài)表格視圖進行排序和過濾，然后通過切換到同步序列視圖來查看基因組上下文。

計算來自映射讀取的表達水平，然后進行樣品之間的配對比較以鑒定差異表達的基因。如果沒有統(tǒng)計編程語言方面的專業(yè)知識，R使用行業(yè)標準DESeq2軟件包比較兩個條件之間的表達式，每個條件都有重復樣本。

切換到PCA Plot選項卡，使用主成分分析檢查數(shù)據(jù)的質(zhì)量，然后切換到交互式火山圖以發(fā)現(xiàn)感興趣的基因。在火山圖中選擇一個基因后，您可以在序列視圖中直接跳到該圖，其中所有基因都根據(jù)差異表達進行熱圖著色。

下載免費試用版和我們的其中一個教程，以交互方式掌握Geneious的功能。

學習從RNA-Seq數(shù)據(jù)計算標準化表達度量。測量來自兩個不同樣品條件的數(shù)據(jù)集上的RPKM，F(xiàn)PKM和TPM，然后計算兩個樣品之間的差異表達。

了解如何在Geneious中使用DESeq2，以比較兩種樣品條件下的重復表達水平。

探索Geneious中的一條管道，該管道允許從疑似感染患者身上進行的高通量宏基因組數(shù)據(jù)中準確識別和分析低濃度ZIKV。