練習1：建立HIV和SIV的系統發育史

您將使用Neighbor-Joining?樹木構建方法和Tamura-Nei?模型構建一個系統發育。進化模型描述了每個核苷酸的預期頻率和核苷酸之間的變化率。Tamura-Nei模型假定每個基地具有不同的均衡頻率，并允許轉換和變換以不同的速率發生。它允許兩種類型的轉換（A?G和C?T）具有不同的速率。這在分析HIV序列時很有用，因為HIV表現出由宿主酶（APOBEC3G）引起的超G-to-A突變。您將使用Neighbor-Joining方法，因為這些序列通常不會像時鐘一樣進化。

打開提供的路線。

要使用Tamura-Nei模型構建一個Neighbor-Joining樹，使用引導，單擊??Tree按鈕并選擇Geneious Tree Builder。您應該通過按Reset to Defaults按鈕將任何更改的參數重置為默認值（如果此選項顯示為灰色，則默認設置已被選中）。

對于遺傳距離模型，選擇Tamura-Nei?并為樹構建方法選擇Neighbor-Joining?。將外群設置為“SIV-MON;?莫娜猴;?AY340701“?。這個序列將被用于樹根。

要計算樹的支持值，請使用引導。為此，請勾選Resample樹旁邊的復選框，然后在重新采樣方法旁邊的下拉框中選擇Bootstrap?。使用100個自舉樣本和一個0?的支持閾值。由于您選擇的樣品越多，分析所需的時間越長，因此不要使用超過100個樣品進行此示例分析。如果你想使用提供的樹，你可以通過點擊這里來完成。

樹建筑選項現在應該看起來類似于：

點擊OK?建立樹。

樹構建器完成后，樹文檔將出現在Geneious的文檔表中，并應自動打開。

查看和操縱系統發育樹

系統發育樹是進化關系的分支圖。它包含關于一組生物體內進化分歧的順序的信息，并因此包含關于它們之間的關系的信息。它還可以包含有關任何兩個分支事件之間發生的演化變化量的信息。樹上的線稱為分支，這些線的交點稱為節點。節點表示樹中的分支事件。樹的分支模式稱為拓撲。拓撲結構顯示生物體如何相互關聯。

根據屏幕大小和樹的大小，可能無法在樹上顯示所有序列名稱，因此Geneious將只顯示一些序列名稱。要放大樹，請使用樹視圖右側面板中“常規”下的縮放滑塊。要擴展樹的分支之間的距離，請使用擴展滑塊。隨著分支之間的空間量增加，更多的序列名稱將顯示在樹上。

由于此樹是使用Geneious中的對齊創建的，因此該對齊將附加到樹上。點擊“對齊視圖”標簽查看對齊。

對齊中的序列根據樹的拓撲排序。在序列名稱的左側，您可以看到樹形拓撲（如果您使用大型樹，這可能不可見）。選擇“SIV-MON;?莫娜猴;?AY340701“序列中，然后返回到”樹視圖“。這個序列現在也在樹中被選中。

用于構建此對齊和樹的序列具有與它們相關聯的其他元數據（這是在各個序列文檔的“信息”選項卡的“屬性”字段中找到的數據）。這些信息可以顯示在樹的尖端。要在樹的頂端顯示生物體，請從“顯示提示標簽”下的“顯示”旁邊的框中選擇“生物體”。

要顯示生物體和宿主生物體，請按住Ctrl（在Windows上）或Cmd（在Mac上）并選擇“生物體”和“宿主生物體”。現在，宿主生物體和生物體顯示在樹的頂端，用逗號分隔。要在樹上顯示序列名稱，請選擇“名稱”。

正如可以使用不同字體或墨水顏色打印句子而不改變意義一樣，樹木也可以用不同形狀和方向表示。即使外觀發生變化，樹中編碼的信息仍然保持不變。例如，可以通過旋轉分支組來改變樹的外觀。要旋轉分支，請在樹中選擇一個內部節點，然后單擊窗口頂部的“?交換兄弟”?按鈕。這將旋轉該子樹中的分支;?然而，相關程度并沒有通過在樹中旋轉分支來改變。簡單地把兩個名字放在一起，并不意味著任何密切的關系。

試試這個你創建的樹。在包含Grivet猴子和四只Vervet猴子的樹中選擇節點，然后單擊Swap Siblings?按鈕。

這些樣本的順序會在樹上發生變化，但是來自Grivet猴子的樣本與來自四只Vervet猴子的樣本之間的關系并沒有改變。

有根樹木

樹木可能根本沒有根。要將HIV樹視為無根樹，請單擊樹視圖右側面板中“常規”選項下的一個無根視圖。

無根的樹木不會告訴我們關于進化關系的很多內容。我們無法確定哪個節點是祖先，哪些是樹上的后代節點。為了建立祖先 - 后代關系，我們需要確定一個合適的群組，然后在分支上分支樹和樹的其余部分（內部群）。我們可以在構建樹之前指定根來生成有根樹，或者可以在構建樹之后指定根，以將無根樹更改為有根樹。

當你建立HIV和SIV序列的樹時，你指定了一個外群（“SIV-MON; Mona monkey; AY340701”），所以Geneious生成了一棵有根的樹。要將樹視為有根樹，請單擊樹視圖右側面板中“常規”選項下的有根視圖。

根系的系統發育樹可以如上所述水平定向，或垂直定向。這里的時間軸是隱含的，從左到右運行。樹左端的節點是根節點，它代表樹上最老的點。當我們從根節點移動時，我們可以識別祖先到其后代分支的節點。從樹的頂端進行工作，使我們能夠識別近親和遠親。任何兩個有機體的親緣關系的程度是由你在尋找它們共同的祖先所必須去的有根樹上返回多遠而給出的。如果在追溯到A和B的共同祖先時，你通過了A和C的共同祖先，那么你可以說A和C比A和B更相關。

在有根樹上，每個節點及其所有后代節點形成一個分支。這就是我們通常稱之為真正樹上的“分支” - 物理分支和附屬于它的所有小分支和葉子。因為無根樹沒有上述時間軸，所以在這種情況下討論分支是不合適的。

體節圖和包膜

樹的分支的長度可以是任意的（例如，包絡圖），或者可以表示進化變化（phylogram）的量。

在一個曲線圖中，分支的長度與這些分支事件之間發生的變化量成正比。由于您構建的樹是使用距離（1-相似性）度量（即NJ）估計的，因此節點的鄰近度表示它們的總體相似度。

要顯示樹分支的長度，請在樹視圖右側的面板中，從“顯示分支標簽”下的“顯示”旁邊的下拉框中選擇“每個站點的替代”。

在你的樹上，找到“SIV-MAC;?獼猴;?M33262“和”SIV-MNE;?豬尾獼猴;?U79412“，并查看分隔這兩個分類群的分支的長度。現在找到“SIV-MND;?山魈;?AF328295“和”SIV-MND;?山魈;?AF367411“并查看這些分支的長度。分支“SIV-MAC;?獼猴;?M33262“來自”SIV-MNE;?豬尾獼猴;?U79412“短于分隔”SIV-MND“的分支的長度;?山魈;?AF328295“和”SIV-MND;?山魈;?AF367411” 。由此可以得出結論：“SIV-MAC;?獼猴;?M33262“更類似于”SIV-MNE;?豬尾獼猴;?U79412“，而不是”SIV-MND;?山魈;?AF328295“是”SIV-MND;?山魈;?AF367411” 。

如果使用最優性方法（例如MP或ML）來估計樹，則兩個節點的鄰近度反映估計在它們之間發生的字符狀態的演化變化的數量。如果從一棵樹的根部到另一端的有機體A的樹根的總分支長度遠遠大于從另一端的根到有機體B的總分支長度，則可以說A譜系中的進化比在B譜系中更快該樹所基于的字符。

要將樹變換為包絡圖，請在“格式”選項中勾選變換分支框。在Transform?旁邊的下拉框中選擇Cladogram

注意樹的分支長度是如何變化的，并且樹的所有提示都在樹視圖的右側對齊。通過這種轉換，分支的長度是沒有意義的。如果你現在看“SIV-MAC;?獼猴;?M33262“和”SIV-MNE;?豬尾獼猴;?U79412“，然后看看”SIV-MND;?山魈;?AF328295“和”SIV-MND;?山魈;?AF367411“你可以看到分支長度分開”SIV-MAC;?獼猴;?M33262“來自”SIV-MNE;?豬尾獼猴;?U79412“與分隔”SIV-MND“的分支具有相同的長度。山魈;?“來自”SIV-MND的AF328295“;?山魈;?AF367411” 。對于轉換的分支，你不能得出關于如何類似“SIV-MAC;?獼猴;?M33262“是”SIV-MNE;?豬尾獼猴;?U79412“與”SIV-MND“的相似程度進行比較。山魈;?AF328295“是”SIV-MND;?山魈;?AF367411” 。

要將樹轉換回phylogram，請取消選中Transform branches?。要隱藏分支長度，請取消選中“顯示分支標簽”旁邊的框。

顯示支持值

除了由樹的拓撲結構和樹的分支長度傳達的信息之外，還可以在樹的節點和/或分支上寫入更多信息。可用于顯示的信息取決于構建樹的方法和使用的選項。通常，支持值將顯示在樹上。

樹木建筑方法生成最能解釋對齊中信息的樹;?然而，這棵樹不太可能解釋所有的對齊變化。并非所有的對齊站點都支持此樹，并且并非樹中的所有分支都必須得到對齊的強力支持。例如，對于快速物種形成事件，在比對中可能沒有足夠的信息來確定一組物種的分支模式，并且樹中的一些分支可能只具有比可能的分支更少的支持。

如果你看看你建造的這棵樹，很難分辨哪支支持強烈支持，哪些不支持。例如，包含“SIV-GSN;?大斑點猴子;?AF468659“和”SIV-GSN;?大斑點猴子;?AF468658“具有與包含”SIV-MND“的分支相同的支持;?山魈;?AF328295“和”SIV-MND;?山魈;?AF367411” ？

要找出對齊支持樹中每個分支的強度，我們可以計算支持值。在樹形建筑選項中，您選擇了“Bootstrap”重采樣方法。樹中分支的引導統計量是分支出現在引導復制樹集合中的百分比。這個百分比范圍從0％（分支沒有出現在任何引導樹中）到100％（分支出現在所有引導樹中）。引導復制樹是通過從對齊中隨機抽樣站點和替換來生成的，以創建一個新的隨機對齊，然后從這個抽樣對齊構建一棵樹。對于指定數量的自舉復制重復此過程（在您的情況下，這是500）。

要在樹上顯示引導值，請勾選顯示分支標簽旁邊的復選框，然后從“顯示”旁邊的下拉框中選擇共識支持（％）。

分支的引導值將顯示在該分支最近的共同祖先節點的左側。

現在引導值顯示在樹上，您可以看到對包含“SIV-GSN;?大斑點猴子;?AF468659“和”SIV-GSN;?大斑點猴子;?AF468658“，但不適用于包含”SIV-MND;?山魈;?AF328295“和”SIV-MND;?山魈;?AF367411” 。